Certo che ci siamo ma vista la domanda volevo trovare un po' di tempo per risponderti in maniera approfondita ma visto che sei così assetato di conoscenza per ora ti rispondo in maniera veloce...

Solitamente io uso un modello di sviluppo "a cascata" ovvero diviso in fasi sequenziali:
Per prima cosa naturalmente si parla con il cliente e si discutono i requisiti del progetto di questo sito web (design, contenuti, gestione del sito,...) in modo da avere una visione chiara del tutto.
Dopo aver analizzato tutti i requisiti del sito si procede con la progettazione del design, si creano più bozze (non dettagliate) e si mostrano al cliente, se al cliente piace una di queste bozze allora si procede con la rifinitura di quest'ultima.
[Non capisco cosa intendi con "scelta del tema, campione colori, nome pagine e contenuti"... il tema e il campione dei colori dipendono dal cliente o dal brand... i nomi delle pagine e i contenuti invece si scoprono durante l'analisi dei requisiti e dipendono anch'essi da cliente o brand].
Dopo il design e l'accettazione del design da parte del cliente si passa alla fase di sviluppo, grazie all'analisi dei requisiti e alla tua esperienza sarai già a conoscenza di informazioni importanti come il CMS da usare, se usarne uno, come strutturare le pagine, etc etc.
quindi non ti resta che scrivere il codice.
Infine si passa alla fase di testing del tutto...

Forse mi sono dilungato un po' troppo e a te interessavano solo le fasi di progettazione del layout però diciamo che se non parti da quelle basi è difficile fare un buon lavoro.